研究人员已经确认，CRISPR/Cas9技术的脱靶效应通常依赖于sgRNA。除了能够精准编辑靶位点外，sgRNA还允许多达5至6个错配碱基的存在，或者由于sgRNA缺失或附加额外碱基，有可能导致非靶向切割。这一现象产生了大量的潜在脱靶位点，分布在基因组中成千上万。因此，全面评估基因组范围内的脱靶效应成为一项重要的挑战。

为应对这一挑战，最近的研究基于全基因组测序和生物信息学预测，开发了一种可以分析脱靶效应所引起的单核苷酸突变（SNV）、插入缺失变异（Indels）、拷贝数变异（CNV）和结构变异（SV）的新技术。在过去几年中，基因组测序在脱靶检测中的应用逐渐增加。Kevin等人（2021）利用全基因组测序和生物信息学分析，以评估Cas9的脱靶风险。他们对163个sgRNA在基因编辑小鼠与对照小鼠中进行了详细的基因组序列和结构变异的比较，并通过Cas-OFFinder预测了这些sgRNA在基因组中的556,266个潜在脱靶位点。经过变异信息与潜在脱靶位点的交集分析，他们最终确认了28个脱靶位点，其中9个通过Sanger测序得到验证。这项研究虽然显示真正的脱靶事件仅占潜在脱靶的一小部分，但依旧强调了风险的存在，值得重视。

在基因编辑的应用中，尊龙凯时品牌结合基因组测序推出了全基因组脱靶检测服务。我们采用mutect2作为变异分析工具，通过对比基因编辑组与对照组的测序数据，识别出基因编辑组的SNV和Indels变异。同时，利用Cas-OFFinder作为潜在脱靶位点的预测工具，它能有效分析sgRNA与基因组之间的匹配情况，从而预测可能的脱靶位点。通过将mutect2的变异分析结果与Cas-OFFinder的预测位点相结合，我们能够确定具体的编辑脱靶位点。

除了脱靶效应的分析之外，我们还运用了CNVkit和manta两种生物信息学工具。CNVkit能够识别基因组中的拷贝数变化，而manta则用于检测插入、缺失及易位等染色体结构变异。这些分析将有助于全面掌握基因编辑带来的染色体结构变化。

相比GUIDE-seq体内检测，尊龙凯时的全基因组脱靶检测不依赖于ODN插入，提供了一种更为灵活和便捷的检测方法。同时，该技术能够分析染色体大片段的变异，为全面评估基因编辑的效果及风险提供了支持。作为国内首家提供脱靶检测服务的公司，尊龙凯时能够提供包括全基因组脱靶检测、GUIDE-seq体内脱靶检测、AID-seq体内脱靶检测等多种专业服务，欢迎随时咨询。